142 पेपर
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि *ड्रोसोफिला मेलानोगैस्टा* में FTIR स्पेक्ट्रोस्कोपी-व्युत्पन्न केमोटाइप्स लिंग, जीनोटाइप, पोषण और आयु द्वारा संचालित जैविक भिन्नता के लिए एकीकृत प्रॉक्सी के रूप में कार्य करते हैं, जो तनाव प्रतिक्रियाओं में जनसंख्या-स्तरीय अंतरों की सफलतापूर्वक भविष्यवाणी करते हैं।
यह अध्ययन चूहों के मॉडलों और मानव देर से होने वाले अल्जाइमर रोग के बीच ट्रांसक्रिप्टोमिक अंतराल को पाटने के लिए TransComp-R कम्प्यूटेशनल फ्रेमवर्क पेश करता है, जो सफलतापूर्वक ओरैक्सिन रिसेप्टर एंटागोनिस्ट सुवोरेक्सेंट (suvorexant) को एक पुनरुत्पादित करने योग्य (repurposable) दवा के रूप में पहचानता और प्रमाणित करता है जो मानव रोगियों में फॉस्फोराइलेटेड ताऊ (tau) के स्तर को कम करती है।
मेटाजीनोम-स्केल मेटाबोलिक मॉडलिंग को मेटाबोलोमिक्स के साथ एकीकृत करके, यह अध्ययन माइक्रोसिस्टिस (Microcystis) फाइकोस्फीयर की कार्यात्मक गतिशीलता का लक्षण वर्णन करता है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि बैक्टीरिया समुदाय मेटाबोलिक क्षमता का विस्तार करते हैं और सायनोबैक्टीरिया के फाइलोजेनी से स्वतंत्र रूप से रेडंडेंसी बनाए रखते हैं, समग्र मेटाबोलोमिक प्रोफाइल मुख्य रूप से स्वयं सायनोबैक्टीरिया द्वारा संचालित होता है, जिससे हानिकारक ब्लूम में अंतर-प्रजाति मेटाबोलिक अंतःक्रियाओं के पारिस्थितिक महत्व पर प्रकाश पड़ता है।
FASTERCC एक नया, काफी तेज़ एल्गोरिदम है जो बड़े पैमाने के मॉडलों को प्री-प्रोसेस और क्लीन करने के लिए संरचनात्मक जानकारी का लाभ उठाकर फ्लक्स कंसिस्टेंसी टेस्टिंग और कॉन्टेक्स्ट-विशिष्ट मेटाबॉलिक नेटवर्क पुनर्निर्माण को त्वरित करता है, जिससे इसके पूर्ववर्ती FASTCC की तुलना में गणना समय में 20 गुना तक की कमी आती है।
यह अध्ययन एक यांत्रिक कम्प्यूटेशनल मॉडल को इन विवो (in vivo) डेटा के साथ एकीकृत करता है ताकि यह प्रदर्शित किया जा सके कि अस्थि सूक्ष्म वातावरण (bone microenvironment) के प्रति ट्यूमर का अनुकूलन, हड्डी से प्राप्त विकास कारकों (growth factors) पर निर्भरता को स्वायत्त प्रसार (autonomous proliferation) में बदल देता है, जिससे ऑस्टियोक्लास्ट-लक्षित उपचार केवल गैर-अनुकूलित ट्यूमर के विरुद्ध प्रभावी होते हैं जबकि अनुकूलित वेरिएंट को नियंत्रित करने में विफल रहते हैं।
यह शोध पत्र BIRDkiss प्रस्तुत करता है, जो एक नया ओपन-सोर्स R-आधारित मॉडलिंग फ्रेमवर्क है जो सरलीकृत ऊर्जा बजट और टॉक्सिकोकाइनेटिक-टॉक्सिकोडायनामिक सिद्धांतों को एकीकृत करता है ताकि यह भविष्यवाणी की जा सके कि कीटनाशक और भोजन की उपलब्धता किस प्रकार पक्षियों के विकास और प्रजनन को प्रभावित करने के लिए परस्पर क्रिया करते हैं, जिससे पर्यावरणीय जोखिम मूल्यांकन की पारिस्थितिक प्रासंगिकता बढ़ती है।
यह शोध पत्र mCanonicalTockySeq का परिचय देता है, जो एक सिस्टम-स्तरीय ढांचा है जो फ्लोरोसेंट टाइमर-आधारित सिग्नलिंग इतिहास को सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग के साथ एकीकृत करता है ताकि एक प्रयोगात्मक रूप से एंकर किए गए टेम्पोरल-डेवलपमेंटल स्टेट स्पेस का निर्माण किया जा सके, जो टी-सेल परिपक्वता गतिकी के समाधान और मानव थाइमिक ट्रांसक्रिप्टोम के माउस संदर्भ पर क्रॉस-स्पीशीज प्रोजेक्शन को सक्षम बनाता है।
यह शोध पत्र MICA को प्रस्तुत करता है, जो एक मॉडल-सूचित परिवर्तन-बिंदु पहचान (change-point detection) एल्गोरिदम है जो सिम्युलेबल गतिशील प्रणालियों में संरचनात्मक संक्रमणों की पहचान करने के लिए बाइनरी सेगमेंटेशन को जेनेटिक एल्गोरिदम के साथ जोड़ता है, जिससे मॉडल सिमुलेशन और प्रेक्षित डेटा के बीच विसंगतियों को न्यूनतम किया जाता है।
GenETop एक नवीन कार्यप्रणाली है जो फ्लक्स परिवर्तनशीलता विश्लेषण (flux variability analysis), नेटवर्क टोपोलॉजी मेट्रिक्स और ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा को एकीकृत करती है ताकि संदर्भ-विशिष्ट जीनोम-स्केल मेटाबॉलिक मॉडल उत्पन्न किए जा सकें जो समय-निर्भर मेटाबॉलिक प्रक्रियाओं के अध्ययन के लिए गतिशील रूप से व्यवहार्य और गणनात्मक रूप से कुशल बने रहें।
व्याख्यात्मक मशीन लर्निंग को सिस्टम्स बायोलॉजी के साथ एकीकृत करके, यह अध्ययन यीस्ट में जटिल जीनोटाइप-फेनोटाइप मानचित्रों को डिकोड करने के लिए लिंकेज डिसइक्विलिब्रियम सीमाओं को पार करता है, सफलतापूर्वक कारण जीन (causal genes) की पहचान करता है, प्लियोट्रोपिक प्रभावों को मान्य करता है, और सेल वॉल इंटीग्रिटी में PDR8 की भूमिका जैसी नवीन जैविक कार्यात्मकताओं का अनावरण करता है।